在华教士分裂
1667年,因“历狱”而被羁押在广州的包括耶稣会、多明我会、方济各会会士共23人召开了一场长达四十天的会议,讨论在华传教的方针,最后通过的决议之一,是遵守1656年教皇的裁定。其中多明我会士闵明我始终持不同意见,在获释后立即返欧,并于1676年在马德里出版《中国历史、政治、伦理和宗教概观 (Tratados historicos, politicos, ethicos y religiosos de la monarchia de China)》一书上册,三年后又出版下册,抨击在华耶稣会士的传教方式,罗马的耶稣会总会于是紧急将该书寄至中国,并要求各地的会士传阅并提供驳斥的论据。罗马教廷经过讨论,决定不更改1656年的命令。
1687年,法王路易十四派遣法国耶稣会士白晋以修订历法的名义赴华,在北京建立法国耶稣会。该会成员大多反对所谓“利玛窦规矩”。法国巴黎外方传教会是1653年成立的传教机构。
1693年(康熙三十二年)3月26日,巴黎外方传教会的阎当主教打破各方妥协,在他所管辖的福建代牧区内,发布了禁止中国教徒实行中国礼仪的禁令,自此将争议迅速扩大。使这一原本纯宗教学术的问题,逐渐演变成为清王朝和梵蒂冈之间的国家政治之争。梵蒂冈在1701年(康熙四十年)和1719年(康熙五十八年)先后派铎罗和嘉乐两位特使来华,期间罗马教廷也发布了一系列的禁教令。铎罗使华以失败而告终,嘉乐来华后“康熙接见嘉乐宗主教前后共十三次,礼遇很隆,对于敬孔敬祖的问题,当面不愿多言,也不许嘉乐奏请遵行禁约。嘉乐宗主教因有了铎罗的经历,遇事很谨慎。看到事情不能转圆时,乃奏请回罗马。”
1932年,发生的日本耶稣会所办的上智大学部分发生参拜靖国神社不行礼的事件即所谓“上智大学事件”,引起了当时的日本军部的强烈反弹。时任广岛主教 Johannes Ross(1875年—1969年) 为解决这一问题,遂展开对教史的研究试图找出有利的案例和证据。结果发现1258年时教廷曾颁发一件通谕,允许教徒可以参加非基督教的仪式,由于此谕先于中国礼仪之争,因此对重视传统的罗马教会而言,具有相当的权威性。在几经讨论之后,罗马教廷发布通告,允许日本教徒在神社中低头行礼,因为此举“除了表示他们对祖国的热爱,对天皇的忠诚外,别无他意”。
该事件为日后解决中国礼仪之争埋下了伏笔。1934年,溥仪在日本关东军的扶植之下登基为满洲国皇帝,将祭孔定为强制的文化政策。梵蒂冈不顾中华民国国民政府的反对,承认满洲国政权,因此再度面临两个多世纪以前的礼仪问题。由于满洲国政府在回复吉林主教高德惠的讯问时,答复曰:“尊孔仪式的唯一目的,就是彰显对孔子的崇敬之情,绝对不带宗教的特质。”再加上有先前日本神社事件的前例,教宗庇护十一世于1935年发布命令,要求满洲国教区主教应谨慎确认祭孔无宗教特质,而神职人员在行过反对中国礼仪的宣誓之后,还应等待主教们的指导,以避免疑惑和争执。
1939年,教宗庇护十二世 (Pope Pius XII,1939年-1958年在位)颁布“众所皆知”(Plane compertum est)通谕:
“允许教徒参加祭孔仪式;可以在教会学校中放置孔子之肖像或牌位,并容许鞠躬致敬;如果教徒必须出席带有迷信色彩的公共仪式时,必须抱持消极的态度;在死者或其遗像、牌位之前鞠躬,是被允许且是适当的。”