事实上,北京会议为期六天,而控诉大会就召开了整整两天。参与控诉的均为中国教会的一些领袖人物,计有中华基督教会全国总会总干事崔宪详、中华基督教会总干事邵镜三、中华卫理公会华北区会督江长川、中华基督教青年会全国协会副总干事江文汉,以及中华圣公会主教院主席主教陈见真等十八人。控诉对象主要是与控诉人相关的外籍传教士或教会的华籍领袖,如中华基督教全国总乡村教会事工委员会干事毕范宇(Francis W. Price)、中华基督教青年会干事骆爱华(Edward H.Lockwood)、中华卫理公会理事陈文渊、中华基督教青年会全国协会总干事梁小初、中华圣公会云贵教区主教朱友渔、中国著名的自由传道人顾仁恩。控诉内容主要是清算这些美帝国主义份子或美帝国主义走狗如何在中国教会内协助帝国主义侵略中国的罪行。不仅如此,大会还通过了《中国基督教各教会各团体代表联合宣言》,号召全国同道坚决揭穿帝国主义和反动派破坏三自运动的阴谋,积极展开各地基督教教会及团体对帝国主义份子和反革命败类的控诉运动。会后,刚刚成立的中国基督教抗美援朝三自革新运动筹备委员会专门向全国各地发出了搞好传达,搞好控诉的号召。
尽管许多教会领袖在北京会议上带头进行控诉,但要使一般教徒很快就转变观念仍有不小的难度。著名传道人王明道就坚持认为,圣经上从来就没有过控诉的事。许多普通信徒也因种种理由难以控诉起来。如陕西省靖边县在控诉外籍传教士沙智林(Antoon Renson)和文怀德(Remi Van Hyfte)前,发动教徒进行诉苦时就遇到了非常大的阻力。当基层干部访贫问苦时,教徒或以怀念外籍传教士的恩惠作答,说沙神父好,我们小时不好好念书,人家外国拿来的洋糖给我们吃,哄得叫念书;或以什么也不知道来应付,嘴合得紧紧的不说话,问的没办法了便说:咱也没得过利,也没受过害,别人的事咱不知道;甚至还替外籍神父辩护。