首先要矫正LZ一个用词的错误：从06年4月上海社保案件发生后，从06年7月1日开始社保局不收取“补充养老保险”了，全部移交给社会的保险公司（如长江养老保险公司），所以早已没有补充养老保险这个概念了，只有“年金”这个称呼。假如LZ说的就是年金的概念的话，那么问题就很简单了。
1.假如这个年金单位付一半，个人也付一半，那么个人的一半应作为应付工资，要作为工资的一部分代扣应缴纳个人所得税，因为这是税法规定（税法只规定基本养老金、基本医疗、公积金和失业金可以了扣除）。单位部分在年度工资总额的5％之内在企业所得税前扣除。
2.假如这部分年金全部都有单位缴纳，这个要看你们公司的年金分配制度了。一般税务看见你们给职工的年金全部有单位支付的话，那么就全部要转入个人的当月收入中计算个人所得税。然后再根据应交和实缴差额补缴！
3.同样的问题还有公积金，上海都是7％基本公积金，1％-8％补充公积金，这是公积金的称呼。但实际根据建设部的规定基本公积金的缴存比列最高12％，所以这部分12％之内可以全部免交个人所得税和企业所得税！
4.还有就是住房补贴问题。可以看看我以前的帖子里面有说明。住房补贴可以在企业所得税前全部扣除，但不能免除个人所得税！.

引用:

原帖由 小骆驼 于 2009-9-8 13:15 发表
谢谢老师非常专业的解释.
我们公司06年、07年仍旧在社保做的补充养老。我们是从08年1月开始把补充养老金转到了长江养老,在转之前帐户里还有待分配的金额,所以领导决定在转到长江养老之前全部分掉.
目前看来我们是要 ...

我个人认为06年7月1日前的这部分可以不缴个人所得税。但移交后很多的政策都有了变化，单位缴纳的部分可以在企业所得税前扣除，最终要分配到个人的，因为还没有分配，所以也可以不交。但是个人从个人的工资里面扣除后再转移支付给长江养老的部分是要缴纳个人所得税的。.