看你这样的方法，是不是税收是在母公司交的。但是附加税是什么意思？收进0.44万，付出只有0.11万？既然是合并报表，代扣代缴的话，
母公司:进项3万
       销项0
分支机构A:进项:6万
          销项:10万
汇总后:应交税费/应交增值税  1万（这个应当是汇总后母公司应缴纳的税收）
               附加税:    1万*11%=0.11万
母公司和子公司以下帐务处理?
母公司:
1.借:其他应收款 -A公司   4万
               -附加税 4*11%=0.44
          贷:应交税费/应交增值税       1万
       其他应付款/ 附加税:    1万*11%=0.11万
       其它应付款-子公司         3.33万
2.缴纳时：
  借：应交税金/应交增值税   1万
      其他应付款/附加税   0.11万
     贷：银行存款        1.11万
3.收回应收款
    借：银行存款  1万+0.11万
      贷：其他应收款 -A公司   1万
                    -附加税 1*11%=0.11万
4、母公司合并抵消分录
     借：其它应付款-子公司        3.33万
          贷：其它应收款-子公司           3.33万

子公司帐务处理，合并抵消，实际上子公司只需支付1.11万的税金给母公司。
1、借：应缴税金-应缴增值税- 4万
                             -附加税      0.44万
               贷：其它应付款-母公司          4.44万
2、借：其它应付款-母公司          1.11万
        贷：银行存款-                                    1.11万
3、借：其它应付款-母公司          3.33万
       贷：主营业务税金及附加          3.33万

      抛砖引玉，大家讨论啊.

但是你母公司里面的账务处理，没有看出来4.44万事怎么来的？
既然是子母公司，年底肯定是要有合并报表的，如果是汇总到母公司来缴纳的话，子母公司的应收应付或者其他应收应付都应当是对应的。
现在母公司是要收子公司1万，那么0.44万又是哪里来的，有为什么要退0.33万给子公司，既然税款都是对应的关系，应当在母公司的往来里面体现4万和0.44万至于与实际缴纳的1万及0.11万的差额，挂往来结转，子母公司相互抵消。.

还有附加税是按照4万的0.44万来母公司结转的话，同样增值税也更应该按照4万来做了。本来子公司的计算依据就是根据4万来算的啊。.