1、首先你开的是增值税专用发票还是普通发票，这要搞清楚。增值税专用发票的认证期限是开票后90天内。增值税普通发票也不存在认证不认证了，因为是不能抵扣的。
2、客户发票还给你，如果没有认证就还你，你还是可以红冲重开的，只是去税务申请下就可以了。
3、如果你开的是增值税专用发票，可以抵扣的，没有理由他不去认证抵扣的呀。
4、客户发票还你，但是货款还是一样要付你的吧，不能因为发票过期了，就不要他付款。“20000元发票作废，3000税金没了。”说实话看不懂这句的意思。
你的意思是不是，你要重新开张发票给他？所以等于是开了2张20000元发票？如果对方没有认证的话，他把手里的发票联和抵扣联还你，你可以先开红票红冲（负数发票），再重新开张发票的。不存在多缴税的问题。.

你先到税务专管员那里写红冲的申请吧。税务批准后是可以开红冲发票的。但是前提是你一定要确认对方是没有认证过的。90天的期限是指拿到发票的客户必须在开票后90天内认证。.